lowfrequencytable

CodonusageforC.eleganslowlybiased(lowlyexpressed,byinference)genes.(Stenico,M.,Lloyd,A.T.,andSharp,P.M.(1994).NucleicAcidsResearch22:2437-2246

highfrequencytable

CodonusageforC.eleganshighlybiased(highlyexpressed,byinference)genes.(Stenico,M.,Lloyd,A.T.,andSharp,P.M.(1994).NucleicAcidsResearch22:2437-2246

AmAcid	Codon	Number	/1000	Fraction
Gly	GGG	32	4.34	0.09
Gly	GGA	207	28.05	0.57
Gly	GGT	96	13.01	0.26
Gly	GGC	28	3.79	0.08
Glu	GAG	140	18.97	0.26
Glu	GAA	393	53.26	0.74
Asp	GAT	341	46.21	0.76
Asp	GAC	106	14.37	0.24
Val	GTG	72	9.76	0.16
Val	GTA	101	13.69	0.23
Val	GTT	201	27.24	0.46
Val	GTC	67	9.08	0.15
Ala	GCG	58	7.86	0.15
Ala	GCA	179	24.26	0.46
Ala	GCT	106	14.37	0.27
Ala	GCC	48	6.5	0.12
Arg	AGG	31	4.2	0.07
Arg	AGA	132	17.89	0.29
Ser	AGT	111	15.04	0.2
Ser	AGC	46	6.23	0.08
Lys	AAG	127	17.21	0.3
Lys	AAA	297	40.25	0.7
Asn	AAT	258	34.96	0.73
Asn	AAC	97	13.15	0.27
Met	ATG	237	32.12	1
Ile	ATA	79	10.71	0.18
Ile	ATT	265	35.91	0.6
Ile	ATC	99	13.42	0.22
Thr	ACG	86	11.65	0.21
Thr	ACA	171	23.17	0.42
Thr	ACT	111	15.04	0.28
Thr	ACC	35	4.74	0.09
Trp	TGG	86	11.65	1
End	TGA	6	0.81	0.4
Cys	TGT	104	14.09	0.64
Cys	TGC	58	7.86	0.36
End	TAG	2	0.27	0.13
End	TAA	7	0.95	0.47
Tyr	TAT	157	21.28	0.69
Tyr	TAC	70	9.49	0.31
Leu	TTG	139	18.84	0.22
Leu	TTA	111	15.04	0.17
Phe	TTT	172	23.31	0.53
Phe	TTC	153	20.73	0.47
Ser	TCG	61	8.27	0.11
Ser	TCA	178	24.12	0.31
Ser	TCT	118	15.99	0.21
Ser	TCC	52	7.05	0.09
Arg	CGG	39	5.29	0.09
Arg	CGA	169	22.9	0.37
Arg	CGT	77	10.44	0.17
Arg	CGC	9	1.22	0.02
Gln	CAG	87	11.79	0.25
Gln	CAA	256	34.69	0.75
His	CAT	121	16.4	0.65
His	CAC	65	8.81	0.35
Leu	CTG	85	11.52	0.13
Leu	CTA	73	9.89	0.11
Leu	CTT	156	21.14	0.24
Leu	CTC	77	10.44	0.12
Pro	CCG	58	7.86	0.17
Pro	CCA	165	22.36	0.49
Pro	CCT	81	10.98	0.24
Pro	CCC	30	4.07	0.09

AmAcid	Codon	Number	/1000	Fraction
Gly	GGG	3	0.41	0.01
Gly	GGA	448	61.54	0.85
Gly	GGT	59	8.1	0.11
Gly	GGC	17	2.34	0.03
Glu	GAG	417	57.28	0.69
Glu	GAA	183	25.14	0.31
Asp	GAT	194	26.65	0.41
Asp	GAC	278	38.19	0.59
Val	GTG	30	4.12	0.07
Val	GTA	13	1.79	0.03
Val	GTT	137	18.82	0.3
Val	GTC	272	37.36	0.6
Ala	GCG	5	0.69	0.01
Ala	GCA	34	4.67	0.05
Ala	GCT	260	35.71	0.38
Ala	GCC	382	52.47	0.56
Arg	AGG	4	0.55	0.01
Arg	AGA	61	8.38	0.18
Ser	AGT	9	1.24	0.02
Ser	AGC	24	3.3	0.06
Lys	AAG	600	82.42	0.95
Lys	AAA	31	4.26	0.05
Asn	AAT	39	5.36	0.14
Asn	AAC	244	33.52	0.86
Met	ATG	167	22.94	1
Ile	ATA	2	0.27	0
Ile	ATT	91	12.5	0.22
Ile	ATC	324	44.51	0.78
Thr	ACG	5	0.69	0.01
Thr	ACA	9	1.24	0.02
Thr	ACT	93	12.77	0.25
Thr	ACC	263	36.13	0.71
Trp	TGG	52	7.14	1
End	TGA	1	0.14	0.06
Cys	TGT	14	1.92	0.18
Cys	TGC	64	8.79	0.82
End	TAG	1	0.14	0.06
End	TAA	14	1.92	0.88
Tyr	TAT	22	3.02	0.11
Tyr	TAC	173	23.76	0.89
Leu	TTG	82	11.26	0.14
Leu	TTA	3	0.41	0.01
Phe	TTT	8	1.1	0.03
Phe	TTC	223	30.63	0.97
Ser	TCG	29	3.98	0.07
Ser	TCA	28	3.85	0.07
Ser	TCT	111	15.25	0.27
Ser	TCC	212	29.12	0.51
Arg	CGG	1	0.14	0
Arg	CGA	2	0.27	0.01
Arg	CGT	156	21.43	0.46
Arg	CGC	114	15.66	0.34
Gln	CAG	113	15.52	0.35
Gln	CAA	206	28.3	0.65
His	CAT	38	5.22	0.26
His	CAC	108	14.84	0.74
Leu	CTG	10	1.37	0.02
Leu	CTA	0	0	0
Leu	CTT	207	28.43	0.36
Leu	CTC	279	38.32	0.48
Pro	CCG	4	0.55	0.01
Pro	CCA	290	39.84	0.93
Pro	CCT	10	1.37	0.03
Pro	CCC	7	0.96	0.02

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