HRP可以于共价键或非共价键方式黏附在其他的蛋白质分子上，常见的标记方法有戊二醛一步法和二步法，也可以用过碘酸钠氧化法，它们主要为共价键结合方式；另一种为非共价键结合方式，是用4，4"-二氟-3，3"-二硝基苯基砜（4，4"-difluoro-3，3"-dinitrophenylsulfone，FNPS）作为交联试剂。戊二醛二步法的标记效率要高于一步法，过碘酸钠氧化法的标记效率要高于戊二醛二步法。其主要原理是二种蛋白质分子的赖氨酸上的e基团和含氨基的N端经活化剂活化而结合。由于抗体和酶分子上所具有的反应基团很少，需通过功能基团（如戊二醛）将更多的抗体和酶分子结合在一起，酶分子首先和双功能试剂结合，再与抗体分子结合，这样可以结合更多的酶和抗体，而且无聚合物产生。HRP还可以与生物素和亲和素结合。