1.假阴性及其处理

应用PAP法显示抗原含量较多的组织或冰冻切片抗原保存良好的标本时，可导致阴性结果。Bigbee（1977）的研究证实，阴性结果是由于第一抗体用董过高，与组织抗原结合过多，使相邻两个抗体的Fc段间的距离恰好是连接抗体的两个Fab段结合的长度，于是连接抗体不存在游离Fab段，仅存无活性的Fc段，所以不能将PAP复合物连接在与组织抗原结合的第一抗体上，导致阴性结果。尤其是冰冻切，而石蜡切片很少发生这种现象。克服的办法是将第一抗体尽量稀释。

2.桥抗体

也称连接抗体。它的两个Fab段具有相同的结构、性质及与抗原结合的能力，因此，当第一抗体和PAP复合中抗HRP抗体来自同一种属动物时，桥抗体能同时与上述二种抗体结合，起到桥的作用。为丁确保桥抗体的二个Fab段之一与第一抗体结合，另一个与抗HRP抗体结合，桥抗体的浓度必须高于常规用的第二抗体。

3.PAP复合物

在PAP法和酶桥法中，特别强调第一抗体和抗HRP必须来自同一种属，桥抗体才能发挥桥的作用，将其连接在一起。