Aresourceforlarge-scale
RNA-interference-basedscreensinmammals

PATRICKJ.PADDISON1,*,JOSEM.SILVA1,*,DOUGLASS.CONKLIN1,*,?,MIKESCHLABACH2,?,MAMIELI2,SHOLAARULEBA1,VIVEKANANDBALIJA1,ANDYOSHAUGHNESSY1,LIDIAGNOJ1,KIMSCOBIE1,KENNETHCHANG1,THOMASWESTBROOK2,?,MICHELECLEARY3,RAVISACHIDANANDAM1,W.RICHARDMCCOMBIE1,STEPHENJ.ELLEDGE2,?&GREGORYJ.HANNON1

GenesilencingbyRNAinterference(RNAi)inmammaliancellsusingsmallinterferingRNAs(siRNAs)andshorthairpinRNAs(shRNAs)hasbecomeavaluablegenetictool.Here,wereporttheconstructionandapplicationofashRNAexpressionlibrarytargeting9,610humanand5,563mousegenes.Thislibraryispresentlycomposedofabout28,000sequence-verifiedshRNAexpressioncassettescontainedwithinmulti-functionalvectors,whichpermitshRNAcassettestobepackagedinretroviruses,trackedinmixedcellpopulationsbymeansofDNAbarcodes,andshuttledtocustomizedvectorsbybacterialmating.Inordertovalidatethelibrary,weusedageneticscreendesignedtoreportdefectsinhumanproteasomefunction.Ourresultssuggestthatourlarge-scaleRNAilibrarycanbeusedinspecific,geneticapplicationsinmammals,andwillbecomeavaluableresourceforgeneanalysisanddiscovery.

2004年3月30日，OpenBiosystems公司正式宣布ExpressionArrest?Human&MouseShortHairpinRNA(shRNA)Libraries对外发售。该ExpressionArrest?shRNALibraries构建者们设计、合成、测序并克隆了上千个小分子发夹RNA，研究者只需在网上数据库中选择特定的shRNA克隆就可在近期内得到用于RNAi用的shRNA。
ExpressionArrest?shRNA文库由OpenBiosystems公司运作上市，目前人和小鼠的文库总共包括6,500个基因，每个基因包括1-4个shRNA克隆。这些基因主要是一些非常有应用前景的基因，其蛋白质成分有可能在将来的疾病治疗领域发挥作用。该文库正在发展壮大，OpenBiosystems寄希望将来的文库能包括目前所有证实的人和小鼠基因，且每个基因包括6-10个shRNA克隆。

ExpressionArrest?shRNA文库的出现是大规模RNAi筛选技术的突破，科研工作者可以通过非常简单的方式直接从该文库中找到针对某特定基因的shRNA，无需耗时耗力的siRNA设计、合成和验证过程。

siRNAshRNA
使用代价高相对较低
持久性最多2周可选择获得稳定整合的细胞
宿主类型细胞系原代细胞，胚胎干细胞、细胞系
设计复杂的设计方法Completed
获取需要合成Completed
应用瞬时转染瞬时转染、稳定转染、病毒侵染
检测方法Western杂交、Western杂交、表型分析、RT-PCR、
表型分析芯片检测
RT-PCR、
芯片检测
研究领域细胞培养细胞培养&体外研究

美国冷泉港实验室（CSHL）的Dr.Hannon构建的人的shRNA文库由大量针对验证的目标基因设计的shRNA克隆组成。humanshRNA1.1版本的文库包括8,500shRNA克隆，涉及5,700人类基因。该文库可以快速、高效地对哺乳动物细胞进行功能缺失的遗传筛选和遗传相互作用的检测。

冷泉港实验室（CSHL）提供的人的shRNA文库的出现可以免去客户设计和合成siRNA的烦恼，针对目标基因的每个小分子shRNA均被克隆和测序验证。为了确保最有效的调控基因的表达水平，每个基因都设计了多个shRNA克隆，每个shRNA序列都分别与目标基因的特异序列相对应。